针叶树遗传改良；
针叶树高效育种技术研发；
针叶树重要性状的遗传调控。

学术与社会兼职

林木育种与生态修复国家工程研究中心副主任；

中国林学会松树分会副秘书长，常务委员； 

《Forestry Research》（ISSN: 2767-3812）期刊副主编 (AE)；

《林木科学评论》（ID: Tree_Science_Review）公众号主编。

2022.01－至今，ManBetX中国官网ManBetX China·中国ManBetX™，教授
2017.09－2021.06，北京市林木分子设计育种高精尖创新中心，青年研究员
2017.01－2020.12，ManBetX中国官网ManBetX China·中国ManBetX™，副教授
2014.07－2016.12，ManBetX中国官网ManBetX China·中国ManBetX™，讲师
2014.06－2016.08，ManBetX中国官网ManBetX China·中国ManBetX™，博士后

1.“十四五”国家重点研发计划青年科学家项目（No. 2022YFD2201700）：油松与马尾松根系及针叶与水养互作对木材品质的影响机制，2022-2027，主持

2. 国家自然科学基金项目（面上项目，No. 31870651）：PtDAL1在油松营养生长时相转变中的功能与作用机制，2019-2022，主持
3. 国家自然科学基金项目（青年项目，No. 31600535）：油松LEAFY/NEEDLY靶基因筛选及其功能特异性研究，2017-2019（已结题），主持
4. 北京市自然科学基金项目（青年项目，No. 5164033）：油松花期调控的分子基础研究，2016-2017（已结题），主持
5. 中国博士后科学基金特别资助（No. 2016T90045）：油松LEAFY与NEEDLY同源基因的功能分化研究，2016-2017（已结题），主持
6. 中国博士后科学基金面上项目（一等资助，No. 2015M570042）：油松赤霉素信号通路鉴定及在球花发育中的调控机制研究，2015-2016（已结题），主持
7.“十三五”国家重点研发计划项目（No. 2017YFD0600500）：油松等速生用材树种高效培育技术研究，2017-2021（已结题），项目助理与研究骨干（10/108）

成果与奖励
1.第十六届林草青年科技奖 (2022)

2.第六届朱之悌奖励基金优秀青年科技奖 (2022)

3.第八届梁希林业科学技术奖二等奖（2017，R3）

4.第六届梁希青年优秀论文奖二等奖 (2016）

[1] Shihui Niu(#)(*), Jiang Li(#), Wenhao Bo(#), Weifei Yang(#), Andrea Zuccolo, Stefania Giacomello, Xi Chen, Fangxu Han, Junhe Yang, Yitong Song, Yumeng Nie, Biao Zhou, Peiyi Wang, Quan Zuo, Hui Zhang, Jingjing Ma, Jun Wang, Lvji Wang, Qianya Zhu, Huanhuan Zhao, Zhanmin Liu, Xuemei Zhang, Tao Liu, Surui Pei, Zhimin Li, Yao Hu, Yehui Yang, Wenzhao Li, Yanjun Zan, Linghua Zhou, Jinxing Lin, Tongqi Yuan, Wei Li, Yue Li, Hairong Wei(*) & Harry X. Wu(*). The Chinese pine genome and methylome unveil key features of conifer evolution[J]. Cell. 2022, 185(1): 204-217.

成果简介：成功组装了油松25.4 Gb染色体级高质量基因组，并空前地利用包含760个样本的大规模RNA-seq数据对针叶树超长基因进行了精确识别与注释，在针叶树超大基因组组装与注释领域取得重要突破。在此基础上，系统地阐明了针叶树包括基因组进化方向、适应性的遗传基础、松脂合成的完整通路、特异的生殖发育调控框架等演化历程中多个悬而未决或存在争议的问题。为《Cell》期刊创刊以来发表的第1篇针叶树及祼子植物研究论文。该进展被《中国科学报》头版头条报道，入选中国林学会评选的 “2021年林草科技十年大事”“十三五期间林草科技十大进展”“ESI高被引论文”等。

[2]Jiang Li, Fangxu Han, Tongqi Yuan, Wei Li, Yue Li, Harry X. Wu, Hairong Wei & Shihui Niu(*). The methylation landscape of giga-genome and the epigenetic timer of age in Chinese pine[J]. Nature Communications. 2023, 14(1): 1947.
成果简介：解析了DNA甲基化作为表观遗传时钟调控针叶树年龄效应的分子机制。发现油松年龄计时器基因PtDAL1启动子与第一超长内含子区两个区段DNA甲基化水平随年龄增长逐渐降低，揭示了DNA甲基化可以作为年龄的表观遗传标记，调控不同年龄转录组稳态的建立，保证了年龄时钟运行的时序性与稳定性。

[3] Jingjing Ma, Xi Chen, Yitong Song, Guifang Zhang, Xianqing Zhou, Shupeng Que, Fei Mao, Yue Li, Wei Li, Harry X. Wu & Shihui Niu(*). MADS-box transcription factors MADS11 and DAL1 interact to mediate the vegetative-to-reproductive transition in pine[J]. Plant Physiology. 2021, 187(1): 247-262.

成果简介：揭示了针叶树首个年龄通路调控模块，解析了针叶树年龄标志因子DAL1通过与MADS11直接相互作用，将年龄信号在成年组织中精确转换为生殖发育信号的分子机制。为针叶树童期调控新技术的研发提供了分子靶标。为本领域权威期刊《Plant Physiology》创刊以来，国内研究人员以松属（Pinus）植物为材料发表的第2篇研究论文，审稿人给予评价：“这是一项创新、详尽和有趣的工作，将对植物界非常有用（The work is a novel, exhaustive and interesting manuscript that is going to be very useful for plant community）。

[4] Wei Li(#), Shuangwei Liu(#), Jingjing Ma, Hongmei Liu, Fangxu Han, Yue Li & Shihui Niu(*). Gibberellin signaling is required for far-red light induced shoot elongation in Pinus tabuliformis seedlings[J]. Plant Physiology. 2020, 182(1): 658-668.

成果简介：揭示针叶树特异的赤霉素与光信号耦合调控油松苗期生长机制，发现针叶树赤霉素代谢调控位点与被子植物存在很大不同，为针叶树良种繁育新技术的研发与创新提供了思路与方向。为本领域权威期刊《Plant Physiology》创刊以来，国内研究人员以松属（Pinus）植物为材料发表的第1篇研究论文，拓展了国内针叶树基础研究在本领域的影响力。

[5] Shihui Niu, Huwei Yuan, Xinrui Sun, Ilga Porth, Yue Li, Yousry A. El-Kassaby & Wei Li(*). A transcriptomics investigation into pine reproductive organ development[J]. New Phytologist. 2016, 209(3): 1278-1289. 

成果简介：针叶树雌雄球花的发育调控是针叶树遗传改良和良种繁育的重点与难点。本研究解析了以油松为代表的裸子植物两性球花的形成机制, 证实了针叶树两性突变材料起源于其雄性部分的理论假说, 为针叶树雄球花的性别调控技术指明了发展方向（杨淑华, 等. 植物学报, 2016. 51: 416-472）。论文刊出后引起了学术同行的广泛关注，科技日报、中国科学报、中国绿色时报、中国科学基金网、科学网等媒体正面报道了本研究为植物两性起源带来的新见解。

其它论著

[1] Shihui Niu(*), Wei Li & Yue Li. Chinese pine (Pinus tabuliformis Carr.) [J]. Trends in Genetics. 2022, 38(4): 410-413. （注：对油松拉丁学名等科学术语进行梳理与规范，对其生物学特征与系统学地位进行了科学界定，建议作为油松材料描述的标准引文）

[2]Xi Chen, Qianya Zhu, Yumeng Nie, Fangxu Han, Yue Li, Harry X. Wu & Shihui Niu(*). Determination of conifer age biomarker DAL1 interactome using Y2H-seq[J]. Forestry Research. 2021, 1: 12. （注：开发了高效的Y2H-seq技术，鉴定到135个油松年龄标志因子PtDAL1直接相互作用蛋白）

[3]Shihui Niu(#)(*), Shuangwei Liu(#), Jingjing Ma, Fangxu Han, Yue Li & Wei Li(*). The transcriptional activity of a temperature-sensitive transcription factor module is associated with pollen shedding time in pine[J]. Tree Physiology. 2019, 39(7): 1173-1186. （注：首次揭示了教科书中关于积温调控针叶树散粉时间经典经验理论的分子机制）

[4] 钮世辉. 针叶树也有一颗想开“花”的心[N]. 中国绿色时报. 2015-11-6. 

[5] Shihui Niu, Zhexin Li, Huwei Yuan, Xiaoyang Chen, Yue Li & Wei Li(*). Transcriptome characterisation of Pinus tabuliformis and evolution of genes in the Pinus phylogeny[J]. BMC Genomics. 2013, 14(1): 263. （注：公布国内首个松属树种高质量参考转录组）

[6] Shihui Niu, Zhexin Li, Huwei Yuan, Pan Fang, Xiaoyang Chen(*) & Wei Li(*). Proper gibberellin localization in vascular tissue is required to regulate adventitious root development in tobacco[J]. Journal of Experimental Botany. 2013, 64(11): 3411-3424. （注：证实赤霉素抑制根原基形成但促进其伸长，解决了本领域一项长期存在的争议）

[7] 完整论著列表请关注科研主页：

ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Shi_Hui_Niu

ORCID：https://orcid.org/0000-0002-6296-9373

[1] ManBetX中国官网2020年课程思政教研教改专项课题（No. 2020KCSZ095），主持

[2] 钮世辉, 高校通识教育教学改革的探讨[J]. 中国林业教育, 2017(01): 18-22.

[3] 钮世辉, 李悦. 讲座式教学在本科生通识课程中的改革探索——以“生物技术导论”课程为例[A]. //黄国华. 探索·构建·创新——ManBetX中国官网教育教学改革优秀论文选编[C]. 北京: 中国林业出版社, 2017: 256-260．

[4] 钮世辉, 杜庆章, 胡冬梅. 生物学研究方法对生物学学科人才培养的作用[A]. //于志明. 秉烛者的思考与实践——ManBetX中国官网教学改革研究文集[C]. 北京: 中国林业出版社, 2016: 528-531．

[5] 指导ManBetX中国官网校级优秀毕业生：马晶晶/博士/2021，刘双委/博士/2020

[6] ManBetX China·中国ManBetX™优秀研究生学科辅导员二等奖（2017-2018年度）

[7] ManBetX中国官网第十四届青年教师教学基本功比赛三等奖（2018）

[8] ManBetX中国官网2017年教育教学研究论文奖三等奖（2017）

[9] ManBetX中国官网第十二届青年教师教学基本功比赛三等奖（2016）

[10]国家虚拟仿真实验教学项目：“林木良种多圃配套育苗技术虚拟仿真实验”，主要参与人